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　小樽市立病院は28の診療科を有する総合病院として、約90人の医師とそれを支えるコメディカルスタッフが、「がん」「脳・神経疾患」「心・血管疾患」「認知症疾患」の四疾患の診療を柱に、診療科の枠を越えた多職種によるチーム医療の実践に努めている。また、小樽・後志地区で唯一の地域がん診療連携拠点病院、地域医療支援病院として、さらなるがん診療の充実に取り組むとともに、救急医療の提供や地域の医療機関から紹介された患者に専門的な医療を提供する役割の病院として、地域医療を支えている。
　設備面では、手術支援ロボット「ダ・ヴィンチ」をはじめ、精度の高い血管内治療を行う「ハイブリッド手術室」、がんの放射線診断装置「PET-CT」、がんを切らずに治療する放射線装置「リニアック」、そのほか「高精細320列CT」などの高機能な医療機器や設備を充実させ、急性期医療を主体とした診療体制を構築している。また、最上階にはヘリポートを設置し、脳卒中や心血管疾患など、一刻を争う緊急性の高い患者の積極的な受け入れにも努めており、災害時には災害拠点病院の役割も担う。
　入院病棟は、一般病床308床、精神病床80床の合計388床。病室は4床室と個室を基本とした構成となっており、各室間には車椅子対応のトイレを設置している。
　同病院は、地域の医療機関との連携にも力を注いでいる。日頃の健康管理や症状が安定した患者には、クリニックなどの「かかりつけ医」を持つことを推奨しており、受診の際には、かかりつけ医からの紹介状を持参するよう協力を求めている。また、患者からの各種相談に応じるため、患者支援センターを設置し、入退院の相談やがん相談などにも対応している。