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　小樽市立病院は27の診療科を有する総合病院として、約80人の医師とそれを支えるコメディカルスタッフが、「がん」「脳・神経疾患」「心・血管疾患」「認知症疾患」の四疾患の診療を柱に、急性期医療や救急医療など各分野において、診療科の枠を越えた多職種によるチーム医療の実践に努めている。また、感染症指定医療機関として、新型コロナウイルス感染症の診療も行っており、小樽・後志地区の地域医療を支えている。
　設備面では、がんの放射線診断装置「PET-CT」をはじめ、がんを切らずに治療する放射線装置「リニアック」、精度の高い血管内治療を行う「ハイブリッド手術室」、その他「高気圧酸素治療装置」などの高機能な医療機器や設備を充実させ、急性期医療を主体とした診療体制を構築している。
　また、最上階にはヘリポートを設置し、脳卒中や心血管疾患など、一刻を争う緊急性の高い患者の積極的な受け入れにも努めており、災害時には災害拠点病院の役割も担う。
　2021年4月から、小樽・後志地区で初の地域がん診療連携拠点病院に指定され、さらなるがん診療の充実に取り組んでいる。
　入院病棟は、一般病床308床、精神病床80床の合計388床。病室は4床室と個室を基本とした構成となっており、各室間には車椅子対応のトイレを設置している。
　同病院は、地域の医療機関との連携にも力を注いでいる。日頃の健康管理や症状が安定した患者には、診療所やクリニックなどの「かかりつけ医」を持つことを推奨しており、受診の際には、かかりつけ医からの紹介状を持参するよう協力を求めている。また、患者からの各種相談に応じるため、患者支援センターを設置し、入退院の相談などにも対応している。