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　函館脳神経外科病院は、2025年から新たに「社会医療法人」としての再スタートを切った。より公共性の高い病院として、超高齢社会の地域医療の要となるべく「脳卒中センター」を中心に休日夜間を問わず年間1300台以上の救急車やドクターヘリを受け入れている。 時間との勝負である脳梗塞に対しては、到着後30分以内に最新の「カテーテル血栓回収療法」が行えるスクランブル体制を構築、その後の脳卒中ケアユニットでの集中治療につなげている。128床という道南最多の脳神経外科ベッド数を背景に、10人の脳神経外科専門医が、脳や脊髄に関わるさまざまな病気の診断と治療に当たっている。
　脳梗塞の受け入れ患者数は年間600人を超え全道3位の実績をもつ。くも膜下出血や脳動脈瘤のカテーテル治療はもちろん、脳腫瘍や下垂体腫瘍、顔面けいれんや三叉神経痛の外科治療にも、顕微鏡に加え内視鏡や外視鏡、ナビゲーションシステムなどを駆使しながら、低侵襲と高度で良質な治療の両立を目指している。 さらに頸椎症、椎間板ヘルニア、腰部脊柱管狭窄などの脊椎脊髄疾患の治療にも重点を置き、2000例を超える脊椎の顕微鏡手術の実績をもつ。また、神経疾患患者の治療後の回復に最も影響を与えるのがリハビリテーションであり、発症翌日から始まる急性期リハビリから新設した「回復期リハビリ」へのスムーズな転棟でシームレスなリハビリが継続可能となった。「もとある場所へ生活へ」をできるだけ早くかなえることを目標に、総勢50人の理学療法士、作業療法士、言語療法士が一丸となって訓練をサポートしている。 「病院理念『思いやりの心』を大切に、脳の病気のかけ込み寺として、地域医療に貢献します」（妹尾誠院長）。