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　1899年（明治32年）と1925年（大正14年）にそれぞれ「札幌陸軍函館分院」、「函館市立柏木療養所」として発足後、78年（昭和53年）に統合し「国立函館病院」として開設。2020年（令和2年）9月には国立病院機構八雲病院から重症心身障がい者病床60床を受け入れ、24年8月からは「函館医療センター」として名称変更し現在に至っている。この間、傷病軍人の治療や結核医療を担当する病院から、循環器疾患、消化器疾患や呼吸器疾患に対する内視鏡治療やロボット支援・鏡視下を含む外科治療、放射線治療・化学療法・高圧酸素療法等による充実したがんの集学的治療に加え、慢性期疾患の受け入れも可能な病院となる。
　また、「北海道がん診療連携指定病院」「紹介受診重点医療機関」「2次救急医療施設」等の指定を受け、地域の他医療機関と連携を図りながら渡島圏域の地域医療の一旦を担う。
　一方、災害発生時には現地に医療班を派遣するなど災害医療にも積極的に協力。東日本大震災や能登半島地震の際は看護師等を派遣している。
　さらに、感染症法に基づく医療措置協定により、第一種及び第二種協定指定医療機関に指定され、今後も感染症の患者の受け入れを行う。
　専門外来も充実しており、25年度からは、歯科口腔外科医師と言語聴覚士が協力し、口腔・摂食嚥下外来を新たに開設した。
　また、24年1月に高精度リニアックを導入し、同年3月にはロボット手術支援装置（ダ・ビンチ）を整備。現在は、地域医療機関とのさらなる連携を図るため、PEG・CVポート造設の引き受けや、心臓血管外科におけるステントグラフト手術にも力を入れている。