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　国立函館病院は、がんの症例が多く、内視鏡治療、外科治療、放射線治療、化学療法、高圧酸素療法、口腔外科医による口腔ケア、がんリハビリテーション、がん専門薬剤師、緩和医療チームによる充実した集学的治療を行う。
　診断には各種の最新検査機器を駆使。腹腔鏡と内視鏡との共同手術、分子標的薬を用いた化学療法、道南の日本腫瘍放射線施設としてリニアックによる放射線治療を実施している。消化管がんの内視鏡治療数は数多い。
　また、全国初のがん予防センターを表明。ピロリ検査（税込1000円）や、経鼻内視鏡による楽な検査と除菌治療で胃がん予防を推進。便潜血検査は病院から郵送する便容器を持参すると数十分で結果が判明、その場で大腸内視鏡検査の予約ができる。大きなポリープは短期入院が必要だが、小さいポリープは熱侵襲を与えない切除で日帰り治療を実施。
　さらに乳がん検診（マンモグラフィ）は、2019年7月より検診専用ブースを設けるなど、受診しやすいよう女性技師が担当（要予約）。肺がんは低線量CTによるスクリーニングと内臓脂肪評価を合わせた検査を行う。
　循環器内科では、植込型除細動器や心室再同期療法および経皮的冠動脈形成術、抹消血管に対する血管内治療などを積極的に実施しているほか、心臓血管外科においては従来の冠動脈バイパス術や弁置換術・形成術など、循環器疾患に求められる医療を多方面から提供している。あわせて呼吸器疾患においても専門的な治療を行っており、肺がんの手術例は年間50例弱で、多くが低侵襲な胸腔下手術で行っている。
　SAS、ピロリ、便秘、胃もたれ・腹部膨満感、口の痛み・違和感などの専門外来も開設している。